进化树+图片:组合图的绘制

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在一些高分文章中我们会看到类似下图这种添加了图片进化树,颜值高而且更直观。在之前的Evolview系列文章中(见拓展阅读部分)已经介绍过进化树和条形图、热图、点状图、结构域示意图等的组合,但Evolview并不支持进化树和图片的组合。

 

(Nature genetics,2016)

 

绘制这样的图其实有很多的图片编辑工具可供选择,比如Photoshop,Illustrator,PPT等。这里我主要介绍用另一个强大的进化树美化工具iTOL绘制“进化树+图片”组合图,顺便也介绍一点Illustrator的使用技巧。


用iTOL绘制组合图

进入iTOL的主页(https://itol.embl.de/),最好注册个账号,这样就可以反复使用自己的工程文件,将进化树拖入页面,或者按照下图的方法上传进化树。


单击进化树的文件名,可打开进化树,如下图,在Controls窗口可调整进化树样式、序列标签的字体大小、颜色、位置等等。


单击一个主分支,可编辑当前分支下子分支的颜色(如下图)、样式等。这里将进化树的样式由Circular改为Normal,并更改分支的颜色。



类似于Evolview,iTOL进化树的美化也依赖Datasets下的注释文件。每种类型的注释文件的模板大家都可以到help页面下载。这里提供本文用到的“进化树+图片”注释文件(绿色字体为可自定义部分,紫色的为注释),如下:


DATASET_IMAGE

#数据分隔符的选择,这里选择逗号;

#SEPARATORTAB

#SEPARATORSPACE

SEPARATORCOMMA

DATASET_LABEL,TuTu

 

#默认设置(之后可在Datasets窗口调整)

COLOR,#ff0000

MARGIN,0

SHOW_INTERNAL,0

IMAGE_ROTATION,0

IMAGE_SHIFT_V,0

IMAGE_SHIFT_H,0

SIZE_FACTOR,1

 

#添加注释数据的区域

DATA

MDJN14,-1,1,0,0,0,http://www.omicshare.com/forum/data/attachment/forum/201810/25/132529r3sxxfxzxltdo47x.jpg

……

Data以上的部分可不用动,data可用Excel准备,如下图,第1列为序列ID(决定对应图片的位置),第3列为图片的URL,第2列与本文保持一致即可。


第2列中“-1”表示在树的节点外添加图片,“1”表示图片的缩放倍数为1(即不缩放图片),每个数字具体的含义如下图。 


图片的URL链接获取的方法有很多种,你可以使用内部的服务器,只要你的浏览器能正确打开图片即可。我这里的方法是将图片上传到Omicshare论坛上,获取URL方法如下,做完图将帖子删除即可。


注释文件准备好后,将txt格式的注释文件拖到iTOL窗口中即可,如下图。


图片会自动加载到对应的序列ID右侧,当然你也可以在Datasets窗口调整图片的位置,如这里垂直上移130像素。


比较遗憾的是iTOL似乎不支持Unrooted样式的图片添加,如下图。


不过我们可以导出svg格式的图片,在Illustrator(Ai)中进行添加,iTOL导出矢量图的方法如下。


 

使用Ai添加图片

用Ai打开进化树图片(这里为svg格式),然后通过“置入”导入已准备好的图片。


单击进化树的不同位置,可逐一添加图片,非常方便,如下图。


你也可以通过文本工具添加文字注释,如下图。


最后导出所需格式的图片即可。当然你也可以使用PPT完成上述操作,PPT也可以打开svg格式的图片,最后另存为PDF图片即可。


今天的内容就到这里啦~


拓展阅读

《Evolview终章:进化树的装饰与美化》

《进化树+条形图:“组合图”的绘制》

《进化树+热图:组合图的绘制》

《听说画好看的进化树需要知道这2个数据库》

《如何绘制“松针”状的进化树?》

《“全自动”绘制进化树+结构域》

《“进化树+点状图”组合图的绘制》

参考文献

Cheng, Feng, etal. Subgenome parallel selection is associated with morphotype diversificationand convergent crop domestication in Brassica rapa and Brassica oleracea.Nature genetics 48.10 (2016): 1218.

 
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